用户应根据特定的灭菌工艺选择适宜的生物指示剂。生物指示剂对灭菌过程的挑战必须**出产品内外的自然微生物负荷量及耐受性的挑战，以保证灭菌程序有更大的安全性。
湿热灭菌法：
湿热灭菌工艺常用的生物指示剂为嗜热脂肪地芽胞杆菌（ Geobacillusstearothermophilus ）。 其 他 耐 热 芽 胞 菌 ， 如 生孢梭菌
（Clostridium sporogenes），枯草芽胞杆菌（Bacillus subtilis）和凝结芽胞
杆菌（Bacillus coagulans）的生物指示剂也被用于湿热灭菌工艺的建立和验证。
干热灭菌法：
干热灭菌工艺，一般使用枯草芽胞杆菌生物指示剂（Bacillus
subtilis）进行验证，但更多则采用去热原方法加以验证，因为去热源所需的温
度远**灭菌温度。
电离辐射法：
评价辐射灭菌工艺曾采用短小芽胞杆菌（Bacillus pumilus）生物指示剂，但现在一般采用剂量设定方法包含辐射灭菌前初始菌的评估以及辐射剂量评估，*使用生物指示剂。此外，也出现了比短小芽胞杆菌更抗辐射的微生物。
环氧乙烷灭菌法：环氧乙烷灭菌工艺，较常使用萎缩芽胞杆菌（Bacillus
atrophaeus）生物指示剂进行验证。