1、制造的难易程度不同。
目前市场上使用的纯水基本上都是经过反渗透、蒸馏等方法制得。纯化水是用水经蒸馏法、离子交换法、反渗透法或其他适宜方法制备得到的制药制作的水。而纯水是在纯水的基础上还要经过光氧化技术、精处理和抛光处理等一系列复杂的纯化技术制得的，这样的水是一般工艺很难达到的程度，通过双级反渗透水处理设备辅以EDI 设备，就可以制备纯水。
2、重金属、微菌、微粒数等指标也大不相同。
纯水杂质含量是ppm级，而纯水为ppb级。这种水中除了水分子外，几乎没有什么杂质，没有微菌、病毒、含氯等物，当然也没有人体所需的矿物质微量元素，接近理论上的水，也就是几乎清理氧和氢以外所有原子的水。
3、对输送管道材质的要求也不相同。
纯水和纯化水对输送管道材质的要求要比纯水严格的多。
4、电导率不同。
纯水电导率在 2-10us/cm 之间，纯化水电导率≤0.2us/cm，纯水的电导率为 0.056us/cm。
5、用途不同。
纯水主要应用在生物、 化学化工、冶金、宇航、电力等领域。
纯化水一般作为供药制作的水。
纯水一般用于电子、电力、电镀、照明电器、实验室、食品、造纸、日化、建材、造漆、蓄电池、化验、生物、制药、石油、化工、钢铁、玻璃等领域。