1.进仓报关
保税仓库货物进境入仓时，除国家另有规定外，免领进口许可证。
(1)如果仓库主管海关与进境口岸不是同一直属海关，按转关方式来处理，可以按提前报关转关方式申报，也可以按直转关方式申报。
(2)如果仓库主管海关与进境口岸是同一直属海关的，经批准，可以不按转关运输方式办理，由经营企业直接在口岸海关办理报关手续，口岸海关放行后，企业自行提取货物入仓。
2.出仓报关
保税仓库货物出仓可能出现进口报关(进入国内市场)和出口报关(复运出口)
(1)出口报关：保税仓库出仓复运出境货物，应当按转关运输方式办理出仓手续，是同一直属海关的，经批准，可以不按转关运输方式办理。
(2)进口报关：转为正式进口的同一批货物，要填写两份报关单，一张办结出仓报关手续。另一张办理进口申报手续，按照实际进口监管方式，填制进口货物报关单。进口手续大体分为：